Uregulowanie podatku od obrotu nieruchomościami nie jest warunkiem wpisania do ksiąg wieczystych. Nabywca nieruchomości może zostać wpisany jako właściciel, chociaż nie zapłacił podatku.

Naliczenie i wpłacenie podatku od obrotu nieruchomościami jest w Republice Chorwacji uregulowane dwiema ustawami: Ustawą o podatku od obrotu nieruchomościami oraz Ustawą o podatku od wartości dodanej.

Zysk uzyskany z handlu nieruchomościami opodatkowuje się w przypadku osób prawnych według zasad określonych w Ustawie o podatku z zysku, a w przypadku osób fizycznych, tylko w przypadkach szczególnych, Ustawą o podatku dochodowym.

Podatkiem od obrotu nieruchomościami opodatkowane są wszystkie rodzaje gruntów ( grunty rolne, budowlane oraz inne) oraz budynki (mieszkalne, biurowe oraz wszystkie inne budynki i ich części ), ale wyłącznie jeśli nie podlegają opodatkowaniu podatkiem od wartości dodanej. A więc obrót gruntem zawsze jest opodatkowany podatkiem od obrotu nieruchomościami lub podatkiem od wartości dodanej, a budynki opodatkowane są albo podatkiem od obrotu nieruchomościami albo podatkiem od wartości dodanej. 

Podatek od obrotu nieruchomościami płaci się według czteroprocentowej stopy podatkowej (4%) od wartości rynkowej nieruchomości, określanej zazwyczaj na podstawie dokumentów nabycia nieruchomości (umowa kupna-sprzedaży, faktura, decyzja i inne).

Jeśli Urząd Skarbowy uzna, że w dokumentacji nabycia nieruchomości wartość nabytej nieruchomości jest nierealna, Urząd Skarbowy wycenia wartość rynkową stanowiącą podstawę do określenia obowiązku podatkowego.

Płatnikiem podatku od obrotu nieruchomościami jest zawsze nabywca nieruchomości. Wyłącznie, jeśli sprzedający nieruchomość w umowie kupna-sprzedaży przejął na siebie obowiązek zapłacenia podatku, solidarnie gwarantuje jego uiszczenie.

Przy zamianie nieruchomości, obowiązek uiszczenia podatku od obrotu nieruchomościami powstaje w momencie zawarcia umowy lub innej czynności prawnej, w oparciu o którą nieruchomość zostaje nabyta.

Jeśli nieruchomość jest nabywana na podstawie decyzji sądu lub innego właściwego organu sądowniczego albo administracyjnego, obowiązek podatkowy powstaje w momencie uprawomocnienia postanowienia.

Płatnik podatku (nabywca) ma obowiązek w terminie 30 dni od powstania obowiązku podatkowego zgłosić obowiązek podatkowy terytorialnie właściwemu Urzędowi Skarbowemu. Zgłoszenie składa się na formularzu, którego treść została zalecona w Regulaminie o formie i treści zgłoszenia podatkowego od obrotu nieruchomościami. W formularzu przytacza się - między innymi - cel w jakim nabywca nieruchomości ma zamiar wykorzystywać nieruchomość, np. pomieszczenie mieszkalne, pomieszczenie biurowe, domek weekendowy i inne oraz źródła środków, z jakich opłacany jest zakup nieruchomości. Po otrzymaniu stosownej decyzji płatnik podatku ma obowiązek zapłacić podatek i w ciągu 15 dni od uprawomocnienia decyzji stanowiącej o obowiązkach podatkowych z tytułu obrotu nieruchomościami.

Przy zamianie jednej nieruchomości na druga mamy do czynienia z dwoma jednoczesnymi jednakowymi obrotami, które są opodatkowane odrębnie. Nie ma przy tym znaczenia, czy nieruchomości są zamieniane za dopłatą czy bez. Obowiązek podatkowy powstaje odrębnie dla każdego obrotu, a płatnikiem podatku obrotowego jest każdy nabywca nieruchomości.

Obiekty zbudowane po 1. stycznia 1998 są opodatkowane podatkiem VAT według stopy 22 %. Przy czym, podatek od wartości dodanej naliczany jest od części budowlanej wartości nieruchomości, a część wartości odnosząca się do gruntu oraz koszty zagospodarowania komunalnego gruntu opodatkowane są podatkiem od obrotu nieruchomościami.

Z powodu niepodzielności budowli i gruntu, na którym budowla jest wzniesiona, obrót nieruchomościami obejmuje także obrót gruntem, na którym jest zbudowany obiekt i opodatkowanie jest realizowana na dwa sposoby: w odniesieniu do części budowlanej wartości nieruchomości sprzedający, jako płatnik podatku nalicza 22 % VAT, a naliczony VAT Kupujący może naliczyć jako swój podatek wyłącznie, jeśli jest płatnikiem podatku VAT. W przypadku obywatela lub osoby prawnej, nie będącej płatnikiem VAT- u , naliczony VAT zwiększa cenę nabycia obiektu budowlanego. 

W odniesieniu do części wartości obrotowej, obejmującej grunt oraz koszty zagospodarowania komunalnego, płatnikiem podatku jest kupujący, nabywca obiektu, który płaci pięć procent (5%) podatku od obrotu nieruchomością, na podstawie decyzji Urzędu Skarbowego. 

Gdy płatnik podatku VAT wnosi budowlę jako wkład założycielski do innej spółki handlowej, część odnosząca się do wartości budynku także podlega opodatkowaniu podatkiem od wartości dodanej. Wobec Sprzedającego nieruchomość powstaje obowiązek podatkowy, a po stronie nabywcy powstaje prawo do odliczenia.

Dla części wartości nieruchomości odnoszącej się do gruntu, która - gdyby nie fakt, że jest wkładem założycielskim w inną spółkę - byłaby opodatkowana podatkiem od obrotu nieruchomościami, można skorzystać z prawa do zwolnienia z podatku od obrotu nieruchomościami.

W przypadku osób fizycznych prowadzących zarejestrowaną działalność poprzez pracę osobistą, zarobek uzyskany ze sprzedaży nieruchomości, jako części majątku firmy jest opodatkowany podatkiem od zysku lub podatkiem dochodowym, w zależności od tego czy osoby są podatnikami jednego lub drugiego podatku.

Osoby fizyczne sprzedające nieruchomość, w zasadzie nie są płatnikami podatku od dochodu ze sprzedaży nieruchomości, niezależnie od wysokości, oprócz w dwóch przypadkach: gdy osoba fizyczna sprzeda w okresie pięciu lat lub w inny sposób zbędzie więcej niż trzy takiego samego rodzaju nieruchomości oraz gdy płatnik podatku w terminie trzech lat od dnia zakupu zbędzie nieruchomość, oprócz gdy nieruchomości tej nie zamieszkiwał. W pierwszym przypadku, gdy w terminie pięciu lat sprzedaje więcej niż trzy nieruchomości,
okres pięciu lat zaczyna biec od dnia zbycia pierwszej nieruchomości.

Jeśli jest sprzedawany budynek z większa liczbą mieszkań, pomieszczeń biurowych lub innych odrębnych części i gdy sprzedawany jest grunt z większą liczbą działek, za jedną nieruchomość uważa się każde mieszkanie, pomieszczenie biurowe, budowlę lub działkę. Dochód, jaki osoba fizyczna uzyska z takiej sprzedaży jest opodatkowany jako dochód z działalności gospodarczej, co oznacza, że płatnikowi podatku zalicza się do kosztów zmniejszających podstawę opodatkowania wszystkie poniesione wydatki, odnośnie których istnieją wiarygodne dokumenty (umowa kupna-sprzedaży, faktura i inne). Podatek płaci się według stopy 15, 25, 35 i 45 %, w zależności od wielkości podstawy opodatkowania. 

W drugim przypadku, gdy płatnik podatku zbędzie nieruchomość w okresie krótszym niż trzy lata od daty nabycia, zarobek z takiej transakcji jest opodatkowany podatkiem od dochodu z majątku, według stopy 25 %. Podstawa opodatkowania podatkiem dochodowym od majątku jest ustalana jako różnica pomiędzy wartością nabycia, powiększoną o wzrost cen produkcji, i uzyskaną ceną sprzedaży nieruchomości.

Zwolnienie z płacenia podatku od obrotu nieruchomościami nie powstaje automatycznie. Urząd Skarbowy dla każdego podatku, dla którego nabywca nieruchomości korzysta z prawa do zwolnienia podatkowego podejmuje decyzję w postępowaniu administracyjnym. W przypadku wniesienia nieruchomości do spółki handlowej, jako wkładu założycielskiego lub jako zwiększenie kapitału zakładowego już założonej spółki handlowej, spółka handlowa może uzyskać zwolnienie z płacenia podatku od obrotu nieruchomościami